Équipes

Plasticité Génomique et Expression Phénotypique

PGEP

Nom :

Plasticité Génomique et Expression Phénotypique

Responsable :

  • Yves Bigot

Axes de recherche :

Projet Principal :

Rôle de PGBD5 (piggybac derived protein 5) dans l’organe sain (cellules pyramidale du SNC) et impact dans l’instabilité génétique des tumeurs

Projets annexe lié au projet principal :

  • Développement d’approches in silico pour identifier des VHH ou des nanobodies .
  • Obtention de nanobodies anti-PGBD5

Compétences / savoir-faire :

  • la fabrication de banques illumina génomiques, de sous banques Illumina de   fragments provenant de PCR nichées, LAM-PCR, d’IPCR,  et de CHIP.
  • le traitement de données génomiques, de RNA-seq (mRNA, lncRNA et petits   ARNs; la fabrication des banques Illumina pour le RNA-seq est actuellement           sous traitée sur les plateformes), et de CHIP-seq (facteurs de transcription et   modifications d’histones).
  • l’annotation et l’analyse des séquences répétées dans un génome, quelle que soit leur origine (CNV, ETs, ADN satellite, …).
  • l’analyse fonctionnelle de régulateurs de l’état chromatinien tels que les silenceurs (PREs), les S/MARs, et les insulateurs.
  • le data mining en tout genre, PI inclus.

Localisation :

Physiologie de la Reproduction et des Comportements (PRC), INRA Centre Val de Loire, INRA UMR-0085, CNRS UMR-7247, Université Rabelais de Tours, IFCE, 37380 Nouzilly.

Site internet :

http://www6.val-de-loire.inra.fr/physiologie_reproduction_comportements/Recherches/Pole-Systemes-Endocriniens-et-Innovations-Pharmacologiques/Plasticite-Genomique-et-Expression-Phenotypique-PGEP